Nach einem Studium in Frankfurt am Main und Berlin war Ingo Kerkhof zunächst als Regieassistent an der Deutschen Oper Berlin tätig. 1997 gründete er das Ensemble »Kerkhof-Produktion«. Es folgten Einladungen zum Intercity-Festival in Florenz, dem Zürcher Theater Spektakel sowie dem Festival Theater der Welt.
Ingo Kerkhof inszenierte Oper und Schauspiel u. a. in Berlin, Bern, Dortmund, Düsseldorf, Florenz, Freiburg, Hamburg, Hannover, Karlsruhe, Köln, Lübeck, Linz, Mannheim, München, Wiesbaden, Wien und Zürich.
Neben Stücken des klassischen Opernrepertoires liegt sein Interessensschwerpunkt vor allem auf dem zeitgenössischen Musiktheater. So inszenierte er am Theater Heidelberg Wolfgang Rihms »Dionysos«, »Morgen und Abend« von Georg Friedrich Haas sowie von Peter Ruzicka »Benjamin«.
Auf die Bühne der Berliner Staatsoper brachte Ingo Kerkhof neben Salvatore Sciarrinos »Lohengrin« und der Uraufführung »Comeback« von Oscar Strasnoy die gemeinsam mit René Jacobs erarbeitete und überregional gefeierte Wiederentdeckung von Agostino Steffanis Oper »Amor vien dal destino«.
Die Internationalen Maifestspiele in Wiesbaden präsentierten Ingo Kerkhofs Uraufführungsinszenierung von Helmut Oehrings »Agota« mit dem Ensemble Modern. Mit »Nach Tristan« im Kontext von »Diskurs Bayreuth« debütierte er bei den Bayreuther Festspielen 2022.
Wichtige Partner auf musikalischer Seite waren die Dirigenten Gabriel Feltz, Patrick Lange, Markus Stenz, Elias Grandy, Alexander Liebreich, Ivan Repušić, Peter Rundel, Konrad Junghänel und René Jacobs.
Unterrichtstätigkeiten führten Ingo Kerkhof an die Hochschule für Musik »Franz Liszt« Weimar, an die Bayerische Theaterakademie »August Everding« in München und an die Universität der Künste Berlin. 2022 wurde Ingo Kerkhof zum Professor für Musiktheater an die Kunstuniversität Graz berufen.
Für die Deutsche Erstaufführung von György Kurtágs Oper »Fin de Partie« an der Oper Dortmund wurde Ingo Kerkhof mit dem Theaterpreis Der Faust 2024 ausgezeichnet.