Jan Freese studierte zunächst Kunstgeschichte an der Humboldt-Universität Berlin. Er arbeitete anschließend als Bühnenbildassistent am Maxim Gorki Theater, wo auch erste eigene Bühnenbilder entstanden. Danach wurde er Assistent von Prof. Johannes Schütz, u. a. für die Deutsche Oper am Rhein in Düsseldorf. Es folgten zahlreiche Arbeiten für Opern, Musicals und Schauspielproduktionen sowie architekturbezogene Rauminstallationen, Arbeiten am Deutschen Theater Berlin, an der Volksbühne, am Schauspielhaus Dresden, am Ballhaus Ost und den sophiensaelen in Berlin und dem Nationaltheater Mannheim, für Inszenierungen der Regisseure Katharina Thalbach, Jan Jochymski, Frieder Venus, Christian Weise, Andreas Gergen & Christian Struppeck. Am Staatstheater Stuttgart begann seine Zusammenarbeit mit der Regisseurin Katja Wolff, der er seitdem eng verbunden ist. Zuletzt entwarf er in dieser Konstellation das Bühnenbild für »Peter Pan« am Schauspiel Bonn. Als Mitarbeiter der Bühnenbildner Karl Ernst Herrmann und Rufus Didwiszus und der Choreografin Reinhild Hoffmann gastierte er an der Oper Zürich, dem Burgtheater Wien, dem Staatstheater Kassel und der Komischen Oper Berlin, für Inszenierungen der Regisseure Barrie Kosky und Luc Bondy. Zuletzt entwarf er das Bühnenbild für »Die Csardasfürstin« in der Regie des Choreografen Otto Pichler, für Ödön von Horvaths »Der Jüngste Tag« in der Regie von Maria Victoria Linke, beides am Stadttheater Augsburg, und die Uraufführung von »Ännie« von Thomas Melle am Staatstheater Darmstadt.