Matthias Werner, geboren in Nordhausen, absolvierte eine Ausbildung zum Innenausstatter mit anschließendem Architekturstudium am Bauhaus Weimar. Von 2000 bis 2006 arbeitete er als Bühnenbildassistent an der Schaubühne am Lehniner Platz sowie am Theater Nordhausen und am Saarländischen Staatstheater Saarbrücken. Seit 2004 entwirft er eigene Bühnenbilder und Kostüme unter anderem am Schauspielhaus Stuttgart, am Nationaltheater Weimar, am Schauspielhaus Zürich, am Maxim Gorki Theater Berlin, am Theater an der Wien/Neue Oper Wien, am Schauspielhaus Bochum, an der Neuköllner Oper, an den Staatstheatern in Oldenburg, Braunschweig, Darmstadt, Saarbrücken Schwerin und Wiesbaden sowie am Ballhaus Naunynstrasse. Er arbeitete mit den Regisseur*innen Daniela Löffner, Anna Bergmann, Helena Waldmann, Jan Neumann, Hendrik Müller, Neco Celik, Maguerite Donlon, Petra Wüllenweber, Christopher Haninger und Bob Ziegenbalg zusammen. Zudem entwirft Matthias Werner Szenenbilder für Film. Am Theater und Orchester Heidelberg entwirft er 2022 das Bühnenbild zur Uraufführung »Das Licht der Welt« von Raphaela Bardutzky.