Der in Salzburg geborene Stefan Stoll wuchs in München auf. Dort begonnene Studien in Musikwissenschaft und Philosophie setzte er durch ein Kompositionsstudium an der Universität der Künste Berlin fort, das er mit dem Diplom abschloss. Gleichzeitig erhielt er Gesangsunterricht bei Claudia Eder, Marianne Fischer-Kupfer sowie Eike Wim Schulte.
In seiner langjährigen Theaterlaufbahn war er Mitglied der Ensembles am Staatstheater Cottbus (ab 1996), der Komischen Oper Berlin (1998-2004) und des Badischen Staatstheaters Karlsruhe (2008-2011).
Stefan Stoll feiert Erfolge in Buffo-Rollen wie Bartolo und Don Pasquale wie aber auch in dramatischen Bariton-Partien als Pizarro, Alberich, Gunther, Holländer, Scarpia und Fra Melitone an Bühnen im In- und Ausland.
Seit der Saison 2011/12 arbeitet Stefan Stoll freischaffend und ist regelmäßiger Gast u. a. an der Oper Leipzig, den Staatstheatern Darmstadt, Mainz, Nürnberg und Wiesbaden, der Opera Zuid (Niederlande), der Dänischen Nationaloper, am Nationaltheater Weimar, sowie an den Bühnen in Odessa und Daegu (Korea) und dem Teatro Comunale di Savona, den Opernfestspielen Heidenheim und den Bregenzer Festspielen. Als gefragter Konzertsänger trat er u.a. in der Berliner Philharmonie, Kölner Philharmonie und Liederhalle Stuttgart auf.